Комплекс Санаинского храма в 1998 году был передан в собственность Армянской апостольской церкви, однако документы не были оформлены. В 2011 году, согласно соответствующим документам, за Армянской апостольской церковью было закреплено право собственности относительно данного памятника. Об этом до заседания Правительства 21 июля заявила министр культуры Армении Асмик Погосян.
Отметим, что согласно публикациям прессы, Католикос всех армян Гарегин второй в беседе с историком Самвелом Карапетяном заявил, что он не имеет отношения к «церквям и храмам, находящимся на территории Армянского нагорья». В связи с этим премьер-министр Армении Тигран Саркисян до заседания Правительства потребовал разъяснений от министра культуры.
По словам Асмик Погосян, монастырский комплекс с 1999 года входит в список мирового наследия ЮНЕСКО, любое действие в связи с ним должно пройти международную экспертизу. В связи с этим в Армению приглашены специалисты из Берлинского института высших технологий, которые сделали измерения по 3D сканерной и лазерной технологии, учитывая основную трещину на западном отрезке южной части переднего фасада храма. По мнению специалистов, именно эта трещина является причиной основных проблем храма. В мае этого года были сделаны повторные проверки, результаты которых будут предоставлены армянской стороне в сентябре.
По подсчетам Погосян, в 2012 году уже начнутся работы по реставрации, для которых необходимо предоставить из госбюджета 90 млн. драмов.